Esta situado a la derecha de la puerta del crucero y esta cerrado por una reja renacentista diseñada por Hernan Ruiz II, comenzada a construir por Juan Mendez y concluida por Pedro Delgado en 1562.

El retablo fue donado por el chantre D. Juan de Medina y es obra del pintor Luis de Vargas en 1561. La pintura principal representa una Alegoría de la Inmaculada Concepción, también llamada La Genealogía de Cristo ; la composición de esta obra se inspira parcialmente en un original del italiano Giorgio Vasari. Los personajes que aparecen en torno al árbol de Getse son los distintos eslabones genealógicos desde Adán hasta la Virgen. En esta obra ha sido siempre famoso el dibujo de la figura de Adán y especialmente su pierna, que constituye un gran acierto pictórico.

En los laterales del retablo figuran pinturas de San Pedro y San Pablo, mientras que en el banco aparece una representación de La Iglesia Triunfante, flanqueada por el Retrato del chantre Medina y su escudo de armas.

En la tribuna situada sobre la puerta figura un reloj, realizado en 1789 por Fray José Cordero y albergado en una caja de sobrio diseño neoclásico.

Antes de abandonar este espacio habrá de admirarse en el muro de la izquierda del crucero la magnifica portada lateral de la Capilla de la Virgen de la Antigua. Es de estilo renacentista y su traza corresponde a Diego de Riaño, siendo terminada por Martín Gainza en 1536. La reja es de Hernando de Espinosa, quien la concluyo en 1608.