En los muros laterales están situadas también dos capillas a cada lado, que se conocen con el nombre de Capillas de los Alabastros por estar realizadas con este material. Las de La Inmaculada y La Encarnación se atribuyen a Juan Gil de Hontañon y se realizaron a partir de 1515. Las de La Virgen de la Estrella y San Gregorio debieron ser iniciadas por Juan Gil de Hontañon, a quien pertenecen fundamentalmente sus aspectos exteriores, siendo concluidas por Diego de Riaño a partir de 1529 ; corresponde a este arquitecto la solución de sus estructuras interiores. En la labor de talla de las esculturas que adornan estas capillas intervino el escultor francés Nicolas de León.